Karyopherin alpha

Karyopherin alpha ist ein Beispiel für ein Protein, dessen Sekundärstruktur zum größten Teil aus α-Helices besteht.

3-D Struktur

1D- und 2D-Struktur

        1 LPQMTQQLNS DDMQEQLSAT VKFRQILSRE HRPPIDVVIQ AGVVPRLVEF 
          HHHHHHT S HHHHHHHH HHHHHHTT T TTTTHHHHHH TT HHHHHHH 

       51 MRENQPEMLQ LEAAWALTNI ASGTSAQTKV VVDADAVPLF IQLLYTGSVE
          TTTTTTHHHH HHHHHHHHHH HTS HHHHHH HHTTTTHHHH HHHHHHTTHH 

      101 VKEQAIWALG NVAGDSTDYR DYVLQCNAME PILGLFNSNK PSLIRTATWT 
          HHHHHHHHHH HHHTTTHHHH HHHHHTTHHH HHHHGGGS HHHHHHHHHH 

      151 LSNLCRGKKP QPDWSVVSQA LPTLAKLIYS MDTETLVDAC WAISYLSDGP 
          HHHHH TTT T HHHHGGG HHHHHHHTT S HHHHHHHH HHHHHHTTS 

      201 QEAIQAVIDV RIPKRLVELL SHESTLVQTP ALRAVGNIVT GNDLQTQVVI 
          HHHHHHHHHT TTHHHHHHHT T S HHHHHH HHHHHHHHTT S HHHHHHHH 

      251 NAGVLPALRL LLSSPKENIK KEACWTISNI TAGNTEQIQA VIDANLIPPL 
          HTTHHHHHHH HTT SSHHHH HHHHHHHHTT TTS HHHHHH HHHTTHHHHH 

      301 VKLLEVAEYK TKKEACWAIS NASSGGLQRP DIIRYLVSQG CIKPLCDLLE 
          HHHHHHTTHH HHTHHHHHHH HHHHTTTTTH HHHHHHHHTT HHHHHHHHHH 

      351 IADNRIIEVT LDALENILKM GEADKEARGL NINENADFIE KAGGMEKIFN 
          HTTHHHHHHH HHHHHHHHHH HHHHHHHS SS HHHHHHH HHTHHHHHHH 

      401 CQQNENDKIY EKAYKIIETY FG 
          HTT S HHHH HHHHHHHHHH

In der obigen Beschreibung der 1D-Struktur ist unter der Sequenz die Zuordnung der Residuen zu Sekundärstrukturelementen vermerkt. Hierfür wurde die folgende detaillierte Zuordnung mit sieben Elementen benutzt.

Buchstabe		Strukturelement
H		α-Helix
B		Residuum in isoliertem β-Strang
E		extended, Teil eines β-Faltblattes
G		3₁₀-Helix (3-Helix)
I		π-Helix (5-Helix)
T		Turn mit Wasserstoffbrückenbindung
S		Biegung